เคนชิน ฮิมุระ ใช้ชีวิตอย่างเรียบง่ายที่สำนักคามิยะ พร้อมคำสาบานว่าจะไม่ปลิดชีวิตผู้ใดอีก
แต่ความสงบที่เขาเฝ้ารักษากำลังถูกท้าทาย — เมื่อ มาโกโตะ ชิชิโอะ อดีตมือสังหารผู้รอดตายจากการหักหลังของรัฐบาล ได้กลับมาอีกครั้ง พร้อมกองกำลังติดอาวุธลับใต้ดิน และแผนโค่นล้มรัฐบาลเมจิอย่างเต็มรูปแบบ
ชิชิโอะเชื่อว่าประเทศควรปกครองด้วย “ผู้แข็งแกร่ง” และเปลวไฟ ไม่ใช่ด้วยอุดมการณ์อ่อนโยนแบบของเคนชิน เขาเริ่มขยายอำนาจจากเงามืดของเกียวโต ใช้หมู่บ้านที่ถูกทอดทิ้งเป็นฐานบัญชาการ และพยายามดึง อาโอชิ ชิโนโมริ หัวหน้ากลุ่มนินจาโอนิวาบัง มาร่วมอุดมการณ์
เพื่อป้องกันไม่ให้ญี่ปุ่นตกกลับสู่ความโกลาหล เคนชินจำต้องถือดาบอีกครั้ง แม้มันจะหมายถึงการกลับเข้าสู่วงจรของเลือดและความตายที่เขาเคยหนีมา
พร้อมกับ ฮาจิเมะ ไซโต อดีตนักรบชินเซ็นกุมิที่กลายเป็นเจ้าหน้าที่รัฐบาล พวกเขาก่อตั้งพันธมิตรชั่วคราวเพื่อต้าน “จักรวรรดิแห่งเพลิง” ก่อนที่ทั้งประเทศจะตกอยู่ในเปลวสงครามอีกครั้ง